Ang sistemang hudisyal ng Pilipinas ay gumagamit ng mga gabay sa pagpapataw ng parusa upang matiyak na ang mga parusa para sa mga kriminal na paglabag ay pare-pareho at makatarungan.  Ang mga patnubay na ito ay naglalayong balansehin ang pangangailangan para sa katarungan kasama ang mga prinsipyo ng rehabilitasyon at pagpigil.  Gayunpaman, ang kanilang aplikasyon ay naging paksa ng masusing pagsusuri.

Sa Pilipinas, ang pagpapataw ng parusa ay ginagabayan ng Revised Penal Code at mga espesyal na batas.  May kapangyarihan ang mga hukom sa pagtukoy ng mga parusa, isinasaalang-alang ang mga salik tulad ng bigat ng krimen, layunin ng nagkasala, at mga pang-mitigang o pang-pabigat na kalagayan.  Habang pinapayagan nito ang indibidwal na hustisya, maaari itong magdulot ng hindi pagkakapantay-pantay sa pagpapataw ng parusa.

Ang ilang mga paglabag, partikular ang mga may kaugnayan sa drug trafficking, ay may mga mandatory minimum na parusa.  Ang Anti-Drug Abuse Act ay nagtatakda ng mahigpit na parusa para sa mga paglabag na may kaugnayan sa droga, kabilang ang habambuhay na pagkakabilanggo at multa para sa trafficking.  Ang mga kritiko ay nagtatalo na ang mga sapilitang parusa ay nag-aalis ng kapangyarihan ng hukuman na magdesisyon, na maaaring magdulot ng hindi makatarungang resulta sa mga kaso na may natatanging mga kalagayan.

Isang mahalagang alalahanin ay ang labis na pagdami ng mga bilanggo sa mga kulungan sa Pilipinas, na pinalalala ng mga batas sa mandatoryong pagpaparusa.  Ang pagdetine ng mga indibidwal nang walang posibilidad ng parole ay maaaring magpahirap sa mga yaman at hadlangan ang mga pagsisikap sa rehabilitasyon.  Bukod dito, may mga panawagan para sa mga reporma upang matugunan ang mga potensyal na pagkiling at matiyak na ang pagpaparusa ay naaayon sa mga pandaigdigang pamantayan ng karapatang pantao.

Sa pagkilala sa mga hamong ito, nagkaroon ng mga talakayan tungkol sa pagbabago ng mga batas sa pagpaparusa upang bigyan ang mga hukom ng mas malawak na kapangyarihan sa kanilang desisyon.  Kasama sa mga panukala ang pagpapatupad ng mga gabay sa pagpaparusa na isinasaalang-alang ang mas malawak na hanay ng mga salik, tulad ng background ng nagkasala at ang konteksto ng krimen.  Ang mga ganitong reporma ay naglalayong itaguyod ang restorative justice at bawasan ang negatibong epekto ng sobrang dami ng mga bilanggo sa mga pasilidad ng detensyon.

Ang mga alituntunin at praktika ng pagpaparusa sa Pilipinas ay kumplikado at maraming aspeto.  Bagaman idinisenyo upang panatilihin ang katarungan, nahaharap sila sa mga hamon kaugnay ng sapilitang pagpaparusa at labis na populasyon sa mga bilangguan.  Ang mga patuloy na reporma ay naglalayong lumikha ng mas balanseng sistema na umaayon sa parehong pangangailangan ng lipunan at mga konsiderasyon sa karapatang pantao.